1605
Komotau erkauft sich die Freiheit und wird dadurch 1606 eine freie königliche Stadt. In die Zeit 1591–1605 fällt der Bau der Hl.-Geist-Kirche durch die Protestanten..
1607
Am 28. Mai wird Georg Popel von Lobkowitz im Elbogener Schloß hingerichtet. Das Rathaus der Stadt Komotau wird in das Schloß verlegt und zum ersten Mal wird der Magistrat von der Gemeinde gewählt.
1609
Der Rat wird erneuert. Die Schloßkirche gehört wieder den Protestanten. Am 30. Juli richtet der wegen starker Regengüsse ausgetretene Bach viel Schaden an, das Wasser stand ¼ Elle höher als 1506, wo vom Sande „8 Häuser weggeschwemmt wurden."
1610
Am 1. Oktober bricht an 7 Stellen der Stadt ein Feuer aus, das 31 Häuser einäschert.
1611
Einweihung der evangelischen Spitalkirche
1612
Der Magistrat schenkt den Armbrustschützen statt eines jährlichen Geldpreises für den Schützenkönig eine Wiese hinter dem Hutberg, die „Königswiese".
1615
Kaiser Mathias bestätigt alle städtischen Privilegien.
1617
Die lutherische Schloßkirche erhält eine neue Orgel.
1618
Der 30-jährige Krieg. Plünderungen, Kontributionen, Einquartierungen, Überfälle und Vergewaltigungen waren an der Tagesordnung
1620
Die Jesuiten wurden aus Böhmen und auch aus Komotau vertrieben. Am Donnerstag nach Johann dem Täufer (24. 6.) wird das Kollegium und Seminar der Stadt verkauft. Am 11. September bricht wieder ein Brand aus, der 15 Häuser einäschert. Nach der Schlacht am Weißen Berg (8. 11.) wird am 10. November die Stadt von den kaiserlichen Truppen wieder eingenommen und gezwungen, dem Kaiser einen Huldigungseid zu leisten und den Jesuiten das Kolleg und das Seminar wieder zurückzugeben.
1621
Im Oktober geht der letzte evangelische Pastor der „Spittelkirche" außer Landes, die Kirche wird nun katholisch.
1624
Infolge der Gegenreformation wandern viele Bürger Komotaus nach Meißen aus. Die „Spittelkirche" brennt zum zweitenmal ab. Die Kirche wird nach einer Spendenaktion wieder aufgebaut.
1625
In Komotau werden über 2500 Menschen durch die Pest hingerafft.
1631
Am 12. November wird die Stadt von kursächsische Truppen unter Kaspar von Klitzing eingenommen und gebrandschatzt. Sie zogen erst am 24. Februar 1632 wieder ab.
1634
Es findet ein Vergleich mit Görkau statt betreffs wechselseitiger Übereinnahme von Erbschaften. Komotau brauchte nach einem älteren Privileg keine Erbschaft aus der Stadt hinauszulassen. Görkau hatte sich revanchiert und nun einigten sich die beiden Städte, auf diesen Brauch zu verzichten. Sie einigten sich darauf, von jeder hinausgehenden Erbschaft den zehnten Teil zurückzubehalten.
1635
Die Prager Juden werden mit dem Gesuch um die Erlaubnis, in Komotau Handel treiben zu dürfen, abgewiesen. Brandschatzung durch sächsische u. schwedische Truppen.
1637
Die Komotauer werden gezwungen, die gegen Oberdorf gelegene Goldammersche Mühle an die Jesuiten abzutreten, da sie wegen der großen Brandschatzungen den Zins nicht zahlen konnten.
1639
Komotau wird von den Schweden geplündert; Hagelwetter vernichtet die ganze Ernte.
1640
Komotau erhält eine Wintereinquartierung kaiserlicher Truppen. Auch wird die Pest, die im Vorjahr in Prag ausgebrochen war, eingeschleppt; über 1000 Menschen sollen daran gestorben sein.
1641
Am 20. September wird die untere Vorstadt von einem Brand heimgesucht, neben mehreren Häusern wird der dortige Torturm und ein Teil des Jesuitenklosters einäschert.
1642
Am 20. September brennt die „Spittelkirche" zum drittenmal ab.
1643
Die Schweden plündern abermals Komotau.
1645
Und wieder wird Komotau von den Schweden geplündert.
1647
Die Stadt entgeht einer Brandschatzung durch die Schweden durch Zahlung einer Geldsumme und Lieferung von Viktualien. – Im gleichen Jahr bricht in der Pfauengasse ein Feuer aus, das die ganze Gasse und einen großen Teil der alten Sorg einäscherte. Drei Menschen kommen dabei ums Leben.
1649
Komotau wird endlich frei von allen fremden Kriegsvölkern.
1651
Die Stadthauptmannstelle in Komotau wird aufgehoben und nach Preßnitz verlegt. -
Der Stadtturm wird renoviert. - Am 19. September kaufen der Bürgermeister und der Rat den „Zettelbergerischen Hof" im Schenkental (den späteren Schieferhof).
1655
Erst jetzt wird die 1642 abgebrannte „Spittelkirche" wieder aufgebaut.
1660
Der „Zettelbergerische Hof" wird an Georg Schiefer verkauft und erhält nun den Namen „Schieferhof".
1661
Die Jesuiten kaufen den Platz für ihre neue Kirche, die spätere Ignatiuskirche.
1662
Am 3. März Grundsteinlegung der Ignatiuskirche. - Der Rat der Stadt kauft das hinter dem Rathaus gelegene Bräuhaus der Witwe Gösl für 100 Gulden.
1668
Feierliche Einweihung der Ignatiuskirche. Der Bau hatte eine Biegung des Mühlgrabens notwendig gemacht. Der entstandene Streit zwischen der Stadt und dem Kollegium wird gütlich beigelegt, worauf die Jesuiten das bekannte „Gymnasium-Gäßchen", dem öffentlichen Verkehr übergeben.
1680
In diesem Jahr grassiert wieder die Pest, vor allem in der Umgebung Komotaus.
1681
Tod des Grafen Hrzan von Rothenhaus. In seinem Testament vermachte er dem Jesuiten-Kollegium eine jährliche Holzlieferung gegen die Bedingung, daß er in der Ignatiuskirche begraben werde.
1686
Der Leichnam des Grafen Hrzan wird in die eigens für ihn errichtete Gruft der Ignatiuskirche überführt. Kauf des Gutes Ulmbach für 2500 Schock Groschen durch die Stadt Komotau von einem gewissen Andreas Hänel.
1689
Mit einem Patent vom 21. August werden die Zigeuner für vogelfrei erklärt und nun überall verfolgt.
1696
Ankauf des Gutes Reizenhain, das mit verschiedenen Privilegien ausgestattet war, um 8000 Gulden.
1697
Grundsteinlegung und feierliche Enthüllung der Dreifaltigkeitssäule am „Ringplatz". Diese war von den Eheleuten Niklas und Judith Wolf gestiftet und von Ambros Lorenz ausgeführt worden.