Im Jahre 1779 erfolgte die erste praktische Anstellung im Fache der praktischen Geometrie als Ingenieur der Robot- Abolition- Hofkommission. Danach ging Gerstner 1781 nach Wien, um Heilkunde zu studieren. Doch Gerstner erkannte, daß das Medizinstudium nicht das richtige für ihn sei. Der Direktor der Wiener Sternwarte P.Hell veranlaßte ihn, sich wieder ganz der Astronomie und Mathematik zu widmen. Im Jahre 1784 wurde er Adjunkt an der Prager Sternwarte unter Strnad. In den Jahren 1788 bis 1789 supplimierte er die Lehrkanzel der höheren Mathematik und wurde am 4. Dezember 1789 zum Ordinarius dieses Faches ernannt. Seine Vorlesungen wurden immer zahlreicher besucht, denn Gerstner hielt nicht nur Vorträge über höhere Analysis und Astronomie, sondern auch über Mechanik und Hydrodynamik mit ihrer Anwendung im bürgerlichen Gewerbe und die Maschinenkunde. Er verbesserte alte Maschinen, baute neue, die von den meisten Hüttenwerken übernommen wurden.

Nach umfangreichen Vorbereitungen erfolgte die Eröffnung des ständigen polytechnischen Institutes in Prag. Gerstner war somit der geistige Gründer dieser ersten technischen Hochschule auf dem europäischen Kontinent. Er wurde Direktor dieses Institutes.

Im Jahre 1807 erhielt Gerstner den Auftrag, die Möglichkeiten eines Verbindungskanales von der Moldau zur Donau zu untersuchen. Er erkannte aber bald, daß dieser Kanal nicht die in ihn gesetzten Hoffnungen erfüllen werde. Er schlug daher die Erbauung einer Eisenbahn von Budweis nach Linz vor, die viel geringere Kosten verursache. Das Projekt wurde angenommen, aber erst zu späterer Zeit ausgeführt.